Όμως, στο διάβα των αιώνων υπέστη μεγάλες αλλοιώσεις και προσθήκες, χάνοντας σε μεγάλο βαθμό τον αρχικό βυζαντινό του χαρακτήρα. Το 1979-80 η Αρχαιολογικής Υπηρεσία τον «αποκατέστησε», στο μέτρο του δυνατού, στην σημερινή του μορφή αποκαλύπτοντας σημαντικά βυζαντινά στοιχεία του ναού (τρούλος, οροφή, επιγραφές και βόρεια πλευρά).
Ο ακαδημαϊκός Δημήτριος Καμπούρογλου έγραφε στο βιβλίο του «Από τας Παλαιάς Αθήνας» (εκδοση 1922) σχετικά με αυτήν την αλλοίωση:
«Ο Άγιος Νικόλαος του Ραγκαβά, έχει δυστυχώς ανακαινισθή, επαυξηθή και πασαλειφθή. Κάπου-κάπου διακρίνει κανείς ίχνη της βυζαντινότητάς του. Κάτι θυρίδας και κάτι θύρας εντοιχισμένας και κάτι πορωλίθους, από τους οποίους έφυγε ο σουβάς. Ως και ο τρούλλος, που θα διετήρει, ως συμβαίνει συνήθως εις τας παλαιάς εκκλησίας, πλήρη την παλαιότητά του περιεβλήθη ολόκληρος με τσίγγον. Θα ήτο διάτρητος, φαίνεται από τίποτε κανονιές, θα έσταζε και ποιός τεχνίτης σημερινός θα ετολμούσε ποτέ να συμπληρώση τρούλλον Βυζαντινής τελειότητος; Αιώνες περνούν και τα Βυζαντινά κεραμίδια δεν υποχωρούν εις την βίαν του βοριά ούτε εις τους κατακλυσμούς του Αθηναϊκού ουρανού. Τα νεώτερα κεραμίδια θέλουν κάθε χρόνο άλλαγμα. Εσωτερικώς όλαι αι εικόνες του Ραγκαβά είναι άλλαι μεν εντελώς νέαι και άλλαι χρωματισμέναι από πάνω. Ξανακαινούργιωμα λέγεται η περίφημος αυτή τέχνη.... Αυτό ήτο το πνεύμα της εποχής μας μέχρι προ τινών ετών ακόμα»
Ίσως κάποτε να γραφτούν τα ανάλογα και για τις τσιμεντένιες παρεμβάσεις της «φιλόκαλης» υπουργού πολιτισμού κας Μενδώνη στον Ιερό Βράχο της Ακρόπολης.